La compétence Gemapi recouvre 4 champs d’action obligatoires : l’aménagement des bassins versants (hors problématique liées aux eaux pluviales urbaines); l’entretien et l’aménagement des cours d’eau; la défense contre les inondations, surtout par une action d’entretien des cours d’eau; la protection et la restauration écologique des écosystèmes aquatiques. Ce dernier point est primordial pour maintenir la bonne qualité des écosystèmes. Il comprend également des opérations de restauration de la continuité écologique et la gestion des zones humides principalesLa compétence Gemapi a été transférée au Parc le 01/01/2016 sur un territoire couvrant 116 communes et appartenant à 9 communautés de communes. Ce territoire couvre une surface de 1 930 km² et est parcouru par plus de 1 600 km de cours d’eau.

Identification des tronçons de cours d'eau du périmètre du SAGE Allan prioritaires pour une restauration morphologique, issue des travaux du Comité technique Morphologie de la CLE

Les tourbières du Morvan ont été classées Réserve naturelle en 2015 par la Région Bourgogne Franche Comté. Elles constituent un ensemble d'espaces remarquables protégés et gérés par le Syndicat Mixte du Parc naturel régional du Morvan. La Réserve naturelle regroupe 12 entités réparties dans le Morvan central et le Haut Morvan pour un total de 266 ha ; 11 d'entre elles sont comprises dans le site Natura 2000 du Morvan. Le patrimoine naturel concerné regroupe les tourbières les plus emblématiques du territoire, de grands ensembles de prairies paratourbeuses et des étangs tourbeux. Environ 1000 espèces végétales ou animales y ont déjà été inventoriées, dont 200 sont rares, menacées ou protégées.

L'ancienneté d'une forêt se définit par le maintien d'un couvert boisé depuis le milieu du XIXème siècle jusqu'à aujourd'hui. Pour cela, on se réfère à la carte d'Etat Major (1818-1866).La digitalisation des forêts anciennes a été réalisée par le Parc naturel régional du Morvan en 2012 à partir du produit IGN SCAN Etat-Major® (1:40 000) sur les 117 communes de la Charte 2008-2019. En 2016, l'évolution de l'occupation des sols des forêts anciennes sur le Parc est renseignée par l'IPAMAC (Inter PArc MAssif Central) en comparant les forêts anciennes avec les forêts recensées dans la BD Forêts de l'IGN. On retrouve donc 3 jeux de données liés à l'évolution des forêts anciennes : Forêts anciennes (FA): forêts de la carte d'Etat Major (1818-1866) toujours présentes au sol sur la BD ForêtsDéboisement (DEB): forêts présentes sur la carte d'Etat Major (1818-1866) mais disparues aujourd'hui sur la BD ForêtsForêts récentes (FR): forêts non présentes sur la carte d'Etat Major (1818-1866) mais présentes sur la BD ForêtsEn 2019, l'équipe du Parc naturel régional du Morvan a complété cette donnée selon le même procédé en y intégrant les surfaces des forêts anciennes et leurs évolutions sur les sites Natura 2000 hors Parc et les nouvelles communes adhérentes ou d'étude du Parc pour la Charte 2020-2035.

Les plans d'eau sont très nombreux sur le périmètre du SAGE Allan. Pour leur très grande majorité, il s'agit de plans d'eau artificiels, le plus souvent édifiés en barrage de cours d'eau. Certains sont pluriséculaires, ayant eu une vocation de pisciculture vivrière à l'origine. Leur nombre très important, associé à leur implantation engendre des impacts cumulés significatifs sur ce territoire de tête de bassin versant à l'hydrologie fragile. Ainsi, la gestion des étangs constitue un enjeu important du SAGE.