Le contrat territorial est un outil de l’Agence de l’eau Loire-Bretagne et de ses partenaires pour intervenir sur les rivières. Le contrat territorial Aron préparé entre le Parc naturel régional du Morvan et l’Agence de l’eau Loire-Bretagne a été signé le 4 juillet 2017, pour une durée de 5 ans. Il associe le Conseil régional, les collectivités du territoire, les Fédérations de pêche, la Société d’histoire naturelle d’Autun et le Conservatoire botanique. Les signataires du contrat ont pour objectif de restaurer et maintenir la qualité des rivières et des milieux aquatiques du territoire, qui concerne 30 communes réparties sur 6 bassins versants: le Veynon, le Guignon, le Morion, la Dragne, le Chevannes et l'Alène

L'ancienneté d'une forêt se définit par le maintien d'un couvert boisé depuis le milieu du XIXème siècle jusqu'à aujourd'hui. Pour cela, on se réfère à la carte d'Etat Major (1818-1866).La digitalisation des forêts anciennes a été réalisée par le Parc naturel régional du Morvan en 2012 à partir du produit IGN SCAN Etat-Major® (1:40 000) sur les 117 communes de la Charte 2008-2019. En 2016, l'évolution de l'occupation des sols des forêts anciennes sur le Parc est renseignée par l'IPAMAC (Inter PArc MAssif Central) en comparant les forêts anciennes avec les forêts recensées dans la BD Forêts de l'IGN. On retrouve donc 3 jeux de données liés à l'évolution des forêts anciennes : Forêts anciennes (FA): forêts de la carte d'Etat Major (1818-1866) toujours présentes au sol sur la BD ForêtsDéboisement (DEB): forêts présentes sur la carte d'Etat Major (1818-1866) mais disparues aujourd'hui sur la BD ForêtsForêts récentes (FR): forêts non présentes sur la carte d'Etat Major (1818-1866) mais présentes sur la BD ForêtsEn 2019, l'équipe du Parc naturel régional du Morvan a complété cette donnée selon le même procédé en y intégrant les surfaces des forêts anciennes et leurs évolutions sur les sites Natura 2000 hors Parc et les nouvelles communes adhérentes ou d'étude du Parc pour la Charte 2020-2035.

Cette couche d'information géographique représente les entités des trois sites Natura 2000 présents sur le territoire, animés par le Parc du Morvan et la Communauté de Communes Avallon Vézelay Morvan. Cette donnée a été actualisée en 2018/2019 à la suite de la fusion administrative des sites et à la prise en animation de nouvelles entités par le Parc. Elle informe aussi sur l’animateur ou la structure en charge de l'animation des différentes entités.

La compétence Gemapi recouvre 4 champs d’action obligatoires : l’aménagement des bassins versants (hors problématique liées aux eaux pluviales urbaines); l’entretien et l’aménagement des cours d’eau; la défense contre les inondations, surtout par une action d’entretien des cours d’eau; la protection et la restauration écologique des écosystèmes aquatiques. Ce dernier point est primordial pour maintenir la bonne qualité des écosystèmes. Il comprend également des opérations de restauration de la continuité écologique et la gestion des zones humides principalesLa compétence Gemapi a été transférée au Parc le 01/01/2016 sur un territoire couvrant 116 communes et appartenant à 9 communautés de communes. Ce territoire couvre une surface de 1 930 km² et est parcouru par plus de 1 600 km de cours d’eau.

Les plans d'eau sont très nombreux sur le périmètre du SAGE Allan. Pour leur très grande majorité, il s'agit de plans d'eau artificiels, le plus souvent édifiés en barrage de cours d'eau. Certains sont pluriséculaires, ayant eu une vocation de pisciculture vivrière à l'origine. Leur nombre très important, associé à leur implantation engendre des impacts cumulés significatifs sur ce territoire de tête de bassin versant à l'hydrologie fragile. Ainsi, la gestion des étangs constitue un enjeu important du SAGE.

Mousses et plantes vasculaires relevées dans les massifs forestiers gérés par l'ONF.